Congés payés et arrêt maladie non professionnel : salariés et employeurs, ce qui change

Congés payés pendant un arrêt maladie : ce que change la jurisprudence récente et la loi du 22 avril 2024

La question de savoir si un salarié en arrêt maladie non professionnel acquiert des jours de congés payés a longtemps été l’un des contentieux les plus délicats du droit du travail français. Pendant des années, la Cour de cassation refusait de faire courir ce droit pendant une suspension du contrat de travail pour maladie d’origine non professionnelle, une position que la chambre sociale a fini par infléchir sous l’influence du droit de l’Union européenne. L’arrêt rendu le 16 septembre 2026 par la chambre sociale de la Cour de cassation, pourvoi n° 25-14.826, vient consacrer et préciser ce mouvement jurisprudentiel, dans le prolongement direct de la loi n° 2024-344 du 22 avril 2024 portant diverses dispositions d’adaptation au droit de l’Union européenne, dite loi DDADUE.

Cet arrêt constitue une étape majeure pour des centaines de milliers de salariés placés en arrêt de travail pour raisons de santé non liées au travail, ainsi que pour les employeurs qui doivent désormais adapter leur gestion des congés payés. Les enjeux sont concrets : l’acquisition de jours de congés pendant la période d’arrêt, le droit de les reporter dans le temps, et le mode de calcul de l’indemnité de congés payés due au moment du départ ou de la rupture du contrat. Cet article se propose de décrypter, de façon claire et accessible, ce que change cette jurisprudence récente et comment elle se combine avec la loi du 22 avril 2024, en distinguant les règles applicables aux arrêts pour maladie non professionnelle de celles qui concernent les arrêts d’origine professionnelle.

L’acquisition des congés payés pendant un arrêt maladie non professionnel : un revirement historique

Pour bien comprendre la portée de l’arrêt du 16 septembre 2026, il faut revenir sur l’état du droit antérieur. L’article L. 3141-5 du code du travail, dans sa rédaction en vigueur avant la loi du 22 avril 2024, prévoyait que le salarié acquiert des jours de congés payés pour chaque période de travail effectif d’une durée équivalente à un mois, mais assimilait seulement à du temps de travail les périodes de congé maternité, de congé paternité, d’accident du travail et de maladie professionnelle, dans la limite d’une durée ininterrompue d’un an. Les arrêts de travail pour maladie non professionnelle n’étaient, eux, pas assimilés à du travail effectif : le salarié n’acquérait donc aucun jour de congés pendant cette période, quelle que soit sa durée.

Cette situation a été durablement contestée devant les juridictions, notamment à la lumière de l’article 7 de la directive 2003/88/CE du Parlement européen et du Conseil du 4 novembre 2003, qui impose aux États membres de garantir à chaque travailleur le bénéfice d’un congé annuel payé d’au moins quatre semaines. La Cour de justice de l’Union européenne a jugé à plusieurs reprises que le droit au congé annuel payé constitue un principe du droit social de l’Union, et qu’un travailleur ne saurait en être privé au motif qu’il se trouve en arrêt de maladie, y compris lorsque la maladie n’est pas liée au travail. La chambre sociale de la Cour de cassation a d’abord résisté, avant de faire évoluer sa position pour se conformer à cette jurisprudence européenne, notamment par une série d’arrêts rendus en 2023 et 2024.

La loi n° 2024-344 du 22 avril 2024 a ensuite inscrit cette évolution dans le marbre législatif en modifiant l’article L. 3141-5 du code du travail. Désormais, les périodes de suspension du contrat de travail pour maladie non professionnelle sont, sous certaines conditions, prises en compte pour l’acquisition des droits à congés payés. Concrètement, le salarié peut acquérir deux jours ouvrables de congés par mois d’arrêt, dans la limite de vingt-quatre jours au total, lorsque l’arrêt est pour maladie non professionnelle ; cette acquisition peut atteindre quatre semaines lorsque l’arrêt est consécutif à un accident du travail ou à une maladie professionnelle. La loi fixe ainsi un cadre nouveau, plus protecteur, dont la Cour de cassation, dans l’arrêt du 16 septembre 2026, précise les modalités d’application, notamment en ce qui concerne le report et le calcul de l’indemnité.

Les faits de l’espèce : un salarié de longue date licencié après un arrêt maladie

L’arrêt du 16 septembre 2026 trouve son origine dans une situation particulièrement illustrative. Un salarié avait été engagé le 12 août 2002 par son employeur, occupant successivement les fonctions de vendeur-caissier puis de responsable de rayon, au sein d’une même société. Fort d’une ancienneté de plus de deux décennies, ce salarié avait été placé en arrêt de travail pour maladie d’origine non professionnelle, avant d’être finalement licencié pour inaptitude et impossibilité de reclassement, consécutivement à la déclaration d’inaptitude par le médecin du travail.

Au moment de la rupture de son contrat de travail, le salarié a entendu obtenir le solde des droits à congés payés qu’il estimait avoir acquis pendant sa période d’arrêt maladie non professionnelle. L’employeur, s’appuyant sur l’ancienne lecture du code du travail, refusait de reconnaître un tel droit, au motif que les périodes de maladie non professionnelle ne sont normalement pas assimilées à du travail effectif. Le litige a été porté devant les juridictions prud’homales, puis devant la cour d’appel, qui a donné partiellement gain de cause au salarié, avant que l’affaire ne soit examinée par la Cour de cassation.

La chambre sociale avait alors à trancher plusieurs questions juridiques d’importance : le principe même de l’acquisition des droits à congés payés pendant l’arrêt maladie non professionnel, le sort des jours ainsi acquis lorsque le salarié n’a pas pu les prendre avant la rupture, c’est-à-dire leur report, et enfin les modalités de calcul de l’indemnité compensatrice de congés payés due au départ du salarié. Par son arrêt du 16 septembre 2026, pourvoi n° 25-14.826, arrêt n° 732 FS-B, la Cour de cassation prononce une cassation partielle de l’arrêt d’appel : elle valide le principe de l’acquisition des droits, mais censure les modalités retenues tant pour le report que pour le calcul de l’indemnité, renvoyant l’affaire devant une cour d’appel autrement composée.

Le droit au report des congés payés dans un délai de quinze mois

L’un des points centraux tranchés par la Cour de cassation dans cet arrêt concerne le droit du salarié en arrêt maladie de reporter ses congés payés acquis au-delà de la période normale de prise des congés, lorsqu’il n’a pas été en mesure de les utiliser en raison de son état de santé. Ce droit au report est directement inspiré de l’article 7 de la directive 2003/88/CE, tel qu’interprété par la Cour de justice de l’Union européenne, selon lequel le droit au congé annuel payé ne s’éteint pas au terme de la période de référence lorsque le travailleur s’est trouvé dans l’impossibilité d’en bénéficier en raison d’une absence pour maladie.

La haute juridiction précise que, lorsque l’arrêt de travail a empêché le salarié de prendre ses congés, celui-ci conserve le droit de les reporter sur une période d’une durée maximale de quinze mois à compter de la fin de la période de référence. Cette règle des quinze mois est une construction jurisprudentielle destinée à encadrer le report dans le temps afin d’éviter que le droit au congé ne devienne perpétuel, tout en laissant au salarié un délai raisonnable pour exercer son droit après la reprise du travail. La Cour de cassation la fait désormais converger avec les exigences du droit de l’Union européenne, dont l’arrêt du 16 septembre 2026 rappelle qu’il s’impose en la matière.

Pour l’employeur, ces règles imposent une gestion rigoureuse des périodes de reprise. Lorsque le salarié revient de son arrêt maladie, l’entreprise doit être en capacité de reconstituer le solde de ses droits à congés acquis pendant la période d’absence et de l’informer utilement de la période pendant laquelle il peut les prendre. En pratique, les quinze mois de report courent à compter de la fin de la période de référence au cours de laquelle les congés ont été acquis : si l’employeur ne prend pas les mesures nécessaires pour permettre au salarié d’exercer son droit, celui-ci peut être reporté à nouveau, et une indemnité peut être due à la rupture si ces congés n’ont pu être pris.

Le calcul de l’indemnité de congés payés selon la règle la plus favorable

La deuxième question que la Cour de cassation devait trancher concerne le mode de calcul de l’indemnité de congés payés, qu’il s’agisse de l’indemnité versée au moment de la prise effective des congés ou de l’indemnité compensatrice versée à la rupture du contrat. Le code du travail prévoit que l’indemnité est au moins égale au dixième de la rémunération totale brute perçue par le salarié au cours de la période de référence, sans que ce montant puisse être inférieur à celui de la rémunération qui aurait été perçue si le salarié avait continué à travailler ; c’est la méthode dite de la comparaison entre les deux modes de calcul, le salarié devant en tout état de cause bénéficier de la règle la plus favorable.

La difficulté propre aux arrêts maladie réside dans le fait que, pendant la période d’absence, le salarié n’a pas perçu de salaire mais, le plus souvent, des indemnités journalières de la sécurité sociale, généralement complétées ou remplacées par une indemnisation conventionnelle ou contractuelle. La question était donc de savoir sur quelle base rémunérer les congés acquis pendant cette période d’arrêt. La Cour de cassation, dans son arrêt du 16 septembre 2026, précise que l’indemnité doit être calculée en référence au salaire qui aurait été perçu par le salarié s’il avait continué à travailler pendant la période indemnisable, conformément à la règle la plus favorable.

Cette solution, favorable au salarié, évite qu’un arrêt maladie longue durée ne se traduise par une diminution significative de l’indemnité de congés payés. Elle impose toutefois aux employeurs une vigilance particulière dans la reconstitution des éléments de rémunération : pour déterminer le salaire de référence, il convient de tenir compte de l’ensemble des éléments de rémunération auxquels le salarié aurait pu prétendre, primes, majorations, heures supplémentaires comprises, dans la limite de ce que prévoient la convention collective applicable et le contrat de travail. C’est sur ce terrain, celui des modalités de calcul, que la Cour de cassation prononce sa cassation partielle, estimant que la cour d’appel n’avait pas suffisamment vérifié le respect de la règle de comparaison et de la règle la plus favorable.

L’application dans le temps de la loi : un effet rétroactif au 1er décembre 2009

L’un des apports majeurs de l’arrêt du 16 septembre 2026 réside dans la solution qu’il retient quant à l’application dans le temps de la loi du 22 avril 2024. La question était délicate : la loi ayant modifié l’article L. 3141-5 du code du travail avec effet au jour de sa publication, se posait la question de savoir si les salariés dont l’arrêt maladie était antérieur à cette date, ou dont les congés avaient été acquis avant l’entrée en vigueur du texte, pouvaient se prévaloir des nouvelles dispositions plus favorables.

La Cour de cassation répond en jugeant que la loi du 22 avril 2024 doit s’appliquer avec un effet au 1er décembre 2009, conformément aux exigences du droit de l’Union européenne et, plus précisément, à l’article 7 de la directive 2003/88/CE. Cette date n’est pas choisie au hasard : elle correspond à la période à partir de laquelle la Cour de justice de l’Union européenne a consolidé l’obligation des États membres d’assurer le droit au congé annuel payé des travailleurs dans l’impossibilité de travailler pour raisons de santé. En retenant une application rétroactive, la chambre sociale assure une mise en conformité effective du droit français avec les exigences européennes, sans limiter la protection aux seules situations nées après l’entrée en vigueur de la loi nationale.

Cette rétroactivité a une conséquence pratique considérable : des salariés placés en arrêt maladie non professionnel à compter du 1er décembre 2009 peuvent, aujourd’hui encore, prétendre à la reconnaissance de droits à congés payés pour la période pendant laquelle ils ignoraient en acquérir. Elle ouvre, de fait, la porte à un nombre important de demandes de rappel de salaire ou d’indemnité de congés payés, y compris pour des arrêts anciens, sous réserve toutefois de l’application des règles de prescription qui limitent les sommes pouvant être réclamées. Les employeurs doivent donc mesurer l’ampleur du risque financier lié à la reconstitution rétroactive de ces droits.

Conséquences pratiques pour les employeurs : gestion, information et délais de report

Pour les employeurs, l’arrêt du 16 septembre 2026 et la loi du 22 avril 2024 imposent une refonte des pratiques de gestion des congés payés. Le premier réflexe doit être de recenser les arrêts de travail pour maladie non professionnelle survenus au sein de l’entreprise, en particulier ceux qui dépassent quelques semaines, et de vérifier que les droits à congés correspondants ont bien été crédités au salarié. Cette opération suppose la conservation fiable des relevés d’absences et la capacité de reconstituer, pour chaque salarié, son historique d’arrêt maladie sur une période pouvant remonter à plusieurs années.

Au-delà de la simple acquisition, l’employeur doit assurer une information effective du salarié sur ses droits à congés à son retour d’arrêt. La jurisprudence exige en effet que le salarié soit mis en mesure d’exercer son droit au congé dans des conditions raisonnables, ce qui implique de lui communiquer, de manière lisible, le solde de ses congés reportés et la période à l’issue de laquelle ces droits pourraient être perdus. À défaut d’une telle information, la charge des congés non pris pèsera finalement sur l’employeur, qui pourra être condamné à verser une indemnité compensatrice à la rupture du contrat ou même une indemnisation pour réparation du préjudice subi.

La gestion des délais de report doit également être clarifiée. Les congés acquis pendant l’arrêt maladie non professionnel peuvent être reportés jusqu’à quinze mois à compter de la fin de la période de référence. L’employeur, alerté notamment par le certificat médical de reprise ou la visite de reprise organisée par la médecine du travail, doit organiser la prise de ces congés dans ce délai, en veillant à ce que le salarié puisse concilier son droit au congé avec les préconisations médicales. Un calendrier de prise de congés précis, élaboré dès la reprise, constitue une mesure de prévention efficace et un élément de preuve utile en cas de litige.

Enfin, pèse sur l’employeur une obligation d’anticipation financière. La rétroactivité au 1er décembre 2009 peut générer des provisions significatives, notamment dans les entreprises ayant connu des arrêts maladie longs. Il est recommandé de procéder, avec l’aide d’un professionnel du droit et du chiffre, à une évaluation du risque afin de provisionner les sommes éventuellement dues et de sécuriser le dialogue social autour de cette réforme dont la portée financière est parfois sous-estimée.

Conséquences pratiques pour les salariés : des droits nouveaux à faire valoir

Côté salariés, la portée de l’arrêt du 16 septembre 2026 est tout aussi décisive. Les personnes placées en arrêt maladie non professionnel acquièrent désormais des droits à congés payés pour leur période d’absence, dans les limites prévues par la loi, et conservent la possibilité de les utiliser à leur retour dans le délai de report de quinze mois. Cette reconnaissance met fin à une inégalité de traitement longtemps dénoncée avec les salariés victimes d’accident du travail ou de maladie professionnelle, qui acquéraient déjà des congés pendant leur arrêt.

Pour les salariés dont le contrat a été rompu, notamment par un licenciement pour inaptitude comme dans l’espèce jugée par la Cour de cassation, l’enjeu est celui de l’indemnité compensatrice de congés payés. Celle-ci doit être calculée selon la règle la plus favorable, en prenant pour base le salaire qui aurait été perçu pendant la période indemnisable. Les salariés concernés sont invités à vérifier le solde de tout compte et à faire valoir leurs droits, en conservant précieusement les documents attestant de la durée de leurs arrêts de travail.

Il convient toutefois de rappeler que ces droits ne sont pas illimités dans le temps. D’une part, la prescription de l’action en rappel de salaire est, en principe, de trois ans, ce qui borne les sommes réclamables malgré la rétroactivité au 1er décembre 2009. D’autre part, le report des congés n’est prévu que dans la limite de quinze mois, au-delà desquels les jours non pris peuvent être perdus si l’employeur a correctement informé le salarié de ses droits. C’est donc une période d’action encadrée qu’il convient de mobiliser rapidement, ce qui justifie, en cas de doute, de solliciter un avis spécialisé.

Conclusion : une jurisprudence qui consacre la compatibilité du droit français avec les exigences européennes

L’arrêt de la chambre sociale de la Cour de cassation du 16 septembre 2026, pourvoi n° 25-14.826, arrêt n° 732 FS-B, s’inscrit dans un mouvement plus large de mise en conformité du droit français du travail avec les exigences du droit de l’Union européenne en matière de congés payés. En reconnaissant l’acquisition de congés pendant l’arrêt maladie non professionnel, en encadrant leur report dans le délai de quinze mois, en précisant le calcul de l’indemnité selon la règle la plus favorable et en appliquant la loi du 22 avril 2024 de manière rétroactive au 1er décembre 2009, la haute juridiction offre une lecture d’ensemble cohérente et protectrice.

Cette jurisprudence demeure néanmoins en partie ouverte sur ses modalités précises d’application, la cassation partielle renvoyant l’affaire devant une cour d’appel autrement composée. Les prochains arrêts viendront affiner les critères de calcul et les contours du report. D’ici là, employeurs et salariés gagneront à se faire accompagner pour sécuriser leurs positions : les employeurs afin de provisionner et gérer correctement ces droits, les salariés afin de faire valoir dans les délais les droits nouvellement reconnus. Les équipes du cabinet Ellipsis Avocats demeurent à leur disposition pour les accompagner dans ces démarches délicates.

Article rédigé par Me Marc Montagnier, avocat au cabinet Ellipsis Avocats. Contenu informatif, ne constitue pas un conseil juridique personnalisé. Pour toute question relative à votre situation, n’hésitez pas à contacter le cabinet.